In "Cardcaptor Sakura: Clear Card" (TV-Serie) S2 setzt die Handlung direkt nach den Ereignissen der ersten Staffel ein. Sakura Kinomoto, eine Schülerin der Mittelschule, entdeckt, dass ihre magischen Karten, die sie zuvor in Clow-Karten verwandelt hatte, plötzlich durchsichtig und wirkungslos geworden sind. Gleichzeitig tauchen neue, mysteriöse Karten auf, die als "Clear Cards" bezeichnet werden und eine unbekannte Bedrohung darstellen. Diese Karten scheinen mit einer geheimnisvollen Macht verbunden zu sein, die Sakura und ihre Freunde noch nicht verstehen.

Sakura beginnt, die Clear Cards einzufangen, um zu verhindern, dass sie Schaden anrichten. Dabei wird sie von ihrem besten Freund Tomoyo Daidouji, ihrem Beschützer Kero-chan und ihrem Rivalen Syaoran Li unterstützt. Syaoran, der aus Hongkong zurückgekehrt ist, zeigt zunehmend Besorgnis über die Entwicklungen und scheint mehr über die Clear Cards zu wissen, als er preisgibt. Seine Beziehung zu Sakura wird komplexer, da er versucht, sie zu schützen, ohne ihr die volle Wahrheit zu offenbaren.

Im Laufe der Staffel wird deutlich, dass die Clear Cards mit einer neuen, mächtigen Kraft verbunden sind, die von einer unbekannten Person kontrolliert wird. Diese Person scheint Sakuras magische Fähigkeiten zu testen und hat möglicherweise Verbindungen zu ihrer Vergangenheit. Sakura muss nicht nur die Clear Cards einfangen, sondern auch herausfinden, wer hinter diesen Ereignissen steckt und welche Absichten diese Person verfolgt.

Parallel dazu wird Sakuras Alltag als Schülerin gezeigt, in dem sie sich mit Freundschaften, Schule und ihren Gefühlen für Syaoran auseinandersetzt. Die Serie verbindet magische Abenteuer mit emotionalen Momenten und entwickelt die Beziehungen zwischen den Charakteren weiter. Die Handlung bleibt spannend, da die Hintergründe der Clear Cards und die Identität des mysteriösen Gegners langsam enthüllt werden, während Sakura weiterhin ihre magischen Fähigkeiten verbessert und neue Herausforderungen meistert.