Der Schein der Neutralität trügt, denn auf der Raumstation Heliopolis des Orb-Konsortiums werden heimlich die 5 Prototypen einer neuen Serie von Mobile Suits genannt G für die Erdallianz produziert, welche aufgrund ihrer technischen Fähigkeiten ZAFT Paroli bieten sollen. Doch das alles bleibt von ZAFT nicht unbemerkt. Ein Angriffstrupp unter der Leitung des Kommandanten Raww le Klueze infiltriert die Station mit dem Auftrag, die Suits zu stehlen. Der junge Student Kira Yamato, ein Coordinator der mit seinen Eltern im Frieden der Kolonie versuchte, dem Krieg zu entkommen, gerät zwischen die Fronten und stellt sich schützend zwischen die verletzte Erdallianzsoldatin Ramius und einen ZAFT-Soldaten, der sich als Athrun Zala entpuppt, Kiras bester Freund aus seine Kindheit. Durch das Erkennen abgelenkt gelingt es Ramius Athrun zu verjagen und zusammen mit Kira und dem Suit Strike zu flüchten.

Da sowohl Kira als auch seine Freunde Zeuge des neuen Mobile Suits waren, werden sie von Ramius zwangsrekrutiert und versuchen von da an auf dem ebenfalls in Heliopolis stationierten Raumschiffprototyp Archangel vor den ZAFT-Truppen zu fliehen.