Kotona Takashina, eine beliebte und unschuldige Oberschülerin aus Tokio, meistert ihr Leben an der Seite ihres Freundes Haruto Ichihara und ihres engen Freundes Yusuke Ninomiya. Ihr gewöhnliches Dasein zerbricht, als ein mysteriöser Angreifer sie ersticht, was Haruto und Yusuke zum Eingreifen veranlasst. Diese Tat katapultiert das Trio nach Ni no Kuni – eine Parallelwelt, die Kotona’s geisterhaftes Gegenstück beherbergt, Prinzessin Astrid Astrum von Evermore. Die beiden teilen auffällige körperliche Ähnlichkeiten, eine Vorliebe für saure Orangen und eine metaphysische Verbindung: Verletzungen der einen manifestieren sich bei der anderen.

Zurück in ihrer Heimat entwickelt Kotona einen tödlichen bösartigen Tumor, ihr Überleben hängt von einer grausamen Entscheidung ab – Astrid zu opfern, um ihr eigenes Leben zu verlängern. Als ihr Gesundheitszustand sich verschlechtert und sie sediert werden muss, ringen ihre Freunde mit diesem moralischen Dilemma. Ihre Genesung tritt erst ein, nachdem ihre Verbündeten Galeroth Felgrimm besiegt haben, die Bedrohung für beide Welten. Nach dem Kampf lösen sich Kotona’s Erinnerungen an Yusuke auf, doch sie baut ihr Leben an Harutos Seite wieder auf, ihr fröhlicher Geist bleibt ungebrochen.

Astrid Astrum beherrscht Magie durch ihren Zauberstab und den schützenden Aegis-Zauber, zusätzlich führt sie einen Dolch, den sie von ihrer verstorbenen Mutter geerbt hat – eine Waffe, die magische Barrieren durchdringen kann. Nach dem Tod ihrer Mutter von König Fidelius aufgezogen, überlebt sie ein Attentat ihres machthungrigen Onkels Sedulus, dank Yusukes Hilfe übersteht sie den Angriff mit einer verfluchten Klinge. Entgegen den Vorurteilen ihres Königreichs setzt sie sich für die gerechte Behandlung von Weltenwanderern ein und stattet Yusuke mit dem Dolch ihrer Mutter aus, um Galeroth zu bekämpfen.

Gütig doch gerechtigkeitsliebend stellt Astrid Evermores veraltete Bräuche in Frage und entwickelt eine Bindung zu Yusuke, die sich zu gegenseitiger Unterstützung vertieft – später befürwortet sie sogar seine Ernennung zum König. Obwohl ihr Schicksal an Kotona’s gebunden bleibt, überleben beide den Konflikt, ihre gemeinsamen Prüfungen sind aus Kotona’s Gedächtnis gelöscht. Ihre Geschichten sind durch Sterblichkeit und Machtkämpfe verwoben, gelöst durch Verbündete, die beide Welten vereinen. Nach der Neutralisierung der Bedrohungen gedeiht jede für sich, ihre Schicksale sind befreit, doch für immer gezeichnet von dem Echo einer Verbindung, an die sich keine vollständig erinnert.