"Hatsune Miku: Bad∞End∞Night (Manga)" basiert auf dem gleichnamigen Vocaloid-Song und erzählt eine düstere, mysteriöse Geschichte, die in einer surrealen, von Albträumen geprägten Welt spielt. Die Handlung beginnt mit einer jungen Frau, die in einem nächtlichen Café landet, das von einer Gruppe seltsamer, charismatischer Charaktere bevölkert wird. Diese Figuren, darunter Hatsune Miku, Kagamine Rin und Len, Megurine Luka und KAITO, scheinen sowohl freundlich als auch bedrohlich zu sein. Sie laden die Protagonistin ein, an einem Spiel teilzunehmen, das sich als gefährlicher erweist, als sie zunächst annimmt.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass das Café und seine Bewohner Teil einer sich wiederholenden Schleife sind, in der die Protagonistin immer wieder denselben Abend erlebt. Jeder Versuch, das Café zu verlassen, führt zu einem "schlechten Ende", das ihren Tod oder ihr Verschwinden zur Folge hat. Die Charaktere des Cafés scheinen sowohl ihre Gefangenen als auch ihre Begleiter zu sein, wobei ihre wahren Absichten und ihre Natur im Dunkeln bleiben. Die Protagonistin muss die Regeln dieser Welt verstehen und herausfinden, wie sie dem Kreislauf entkommen kann, während sie gleichzeitig mit den rätselhaften und oft bedrohlichen Persönlichkeiten der Café-Bewohner interagiert.

Die Handlung ist geprägt von einer Atmosphäre der Verzweiflung und Hoffnungslosigkeit, die durch die wiederholten Versuche der Protagonistin, der Schleife zu entkommen, verstärkt wird. Die Charaktere, insbesondere Hatsune Miku, nehmen eine zentrale Rolle ein, da sie sowohl als Führerin als auch als Hindernis für die Protagonistin fungiert. Die Geschichte erkundet Themen wie Schicksal, Wiederholung und die Suche nach Freiheit in einer Welt, die von unerbittlichen Regeln beherrscht wird. Der Manga bleibt dabei eng an der düsteren und surrealen Stimmung des Original-Songs, während er die Handlung und die Charaktere weiter vertieft.