20XX年，被稱為「犯罪都市」的TOKYO CITY人口突破三千萬，犯罪率隨之激增，警力嚴重不足，治安陷入混亂。為了對抗日漸猖獗的罪惡，統一名偵探組織「NEST」應運而生。該組織由一百個被稱為「house」的最小搜查單位構成，每個house由一名「名偵探」與兩名「記錄者」組成，共同解決從尋找失物到重大刑案等各種案件。

在這一百個隊伍之中，代號為「Hawk Eyes」（鷹眼）的團隊尤其引人注目。其核心人物是名偵探司波仁，他是一名在高中時就加入NEST的天才，擁有被稱為「千里眼」的驚人觀察力。這項能力使他無需依靠魯米諾試劑，便能精準鎖定被擦拭清理後的血跡位置。然而，這項強大的能力伴隨著巨大的風險，司波仁有時會陷入一種奇特的放空狀態，屆時他將至少一天內動彈不得、無法言語，但意識與聽覺仍然存在。

支撐這位問題天才的，是他的兩位記錄者。第一位是枯柳杖道，一位前書法家。他將司波仁引入NEST，自己也隨之成為記錄者。他睡眠時間極短，從不在人前闔眼，個性雖不沉默卻極少談論自身，且有嚴重潔癖，身邊物品極少。另一位記錄者是年僅15歲的物怪瑠衣，她本來以成為名偵探為目標而加入NEST，最終卻以記錄者身分活躍。她正義感極強，個性熱血，奔跑速度無人能及，人稱「獵犬」。她雖然尊敬司波仁，卻也時時刻刻尋找著「下克上」的機會，希望有朝一日能超越他。

這支獨特的三人組在化為貧民窟的TOKYO CITY中活動，解決了無數案件。在名為「HUNDRED NOTE－高中生偵探 天命大地－」的相關漫畫中，描繪了另一位夢想成為名偵探的高中生天命大地，與擁有驚人推理能力的司波仁，以及關西人霧縱人一同造訪孤島的故事。原本充滿歡笑的同儕之旅，卻在一陣尖叫聲後急轉直下，演變為一場悲劇。該系列故事圍繞著叡神高中發生的殺人事件展開，犯人自稱「黎明的魔人」，其背後似乎與該校一名教師的自殺案有關。事件解決兩年後，順利成為NEST名偵探的天命大地身邊，卻不見昔日好友司波仁的身影，兩位摯友之間的最後事件將被揭開。