篠宮火影は高校三年生の男子で、無人島でのサバイバル生活に夢を抱いている。ある日、彼は学校のクラスメート全員と共に、目覚めると同時に異世界の謎の島へ転移していた。彼は見知らぬ洞窟の中で目を覚まし、やがて同じく転移してきた何人かのクラスメートと合流する。電気もガスも水道もない完全な無人島で、火影は持ち前の豊富なサバイバル知識と経験を駆使して次々と問題を解決していく。学校では目立たない普通の少年だったが、この異世界ではその能力が評価され、自然とリーダーの立場に立つことになる。

物語は、火影がクラスメートたちと共に島での生活基盤を築く過程を中心に描かれる。嵐に襲われても、虎に拠点を占領されても、彼の手は決して止まらない。卓越した知識で火を起こし、簡易シェルターを建設し、罠を仕掛けて食料を確保するなど、ゼロから文明を築き上げていく。当初は火影と数人の女子生徒からなるチームでスタートするが、物語が進むにつれて他のクラスメートたちとも合流し、集団は拡大していく。

物語が進むと、島には火影たち以外にも複数のグループが存在することが判明する。特に、零斗という生徒が率いる強硬なグループは資源を独占しようとし、火影のチームと対立する。火影はサバイバル技術だけでなく、情報戦や罠を駆使した戦術でこれに対抗し、最終的には対話を通じて和解の道を模索する。また、島の奥深くには古代の遺跡が存在し、そこには異世界転移の謎を示唆する碑文やオーブが隠されている。この遺跡の発見を機に、物語は純粋なサバイバルから異世界の秘密を探る冒険へと展開していく。

火影は持ち前の冷静な判断力とリーダーシップでチームをまとめ上げ、女子生徒たちからの信頼も厚い。作中では、極限状態ならではの人間関係や、ちょっぴりエッチな要素も織り交ぜられながら、本格的なサバイバルコメディとして描かれる。