Die Manga-Serie "Kingdom Hearts II" adaptiert das gleichnamige Videospiel und setzt die Geschichte der ursprünglichen "Kingdom Hearts"-Reihe fort. Der Protagonist Sora, begleitet von seinen Freunden Donald und Goofy, setzt seine Reise fort, um die Welten vor den Dunkelheiten und den Herzlos zu schützen. Nach den Ereignissen des ersten Teils erwacht Sora aus einem tiefen Schlaf und findet sich in der Stadt Twilight Town wieder, wo er zunächst keine Erinnerung an seine vorherigen Abenteuer hat. Zusammen mit neuen Freunden wie Roxas, der eine zentrale Rolle in der Handlung spielt, beginnt Sora, seine Erinnerungen und seine wahre Identität wiederzufinden.

Die Handlung führt Sora, Donald und Goofy durch verschiedene Disney-Welten, darunter bekannte Schauplätze wie das Land der Löwen, Port Royal aus "Fluch der Karibik" und das Schloss der Bestie aus "Die Schöne und das Biest". In jeder Welt treffen sie auf bekannte Disney-Charaktere und müssen sich neuen Herausforderungen stellen, während sie gleichzeitig den Machenschaften der Organisation XIII entgegentreten. Diese Gruppe von Nobodies, angeführt von Xemnas, strebt danach, die Macht der Dunkelheit zu nutzen, um ihre eigenen Ziele zu erreichen.

Ein zentrales Thema der Handlung ist die Bedeutung von Freundschaft und die Kraft des Herzens. Sora, der den Schlüsselbladen-Meister repräsentiert, kämpft nicht nur gegen äußere Feinde, sondern auch gegen innere Konflikte und Zweifel. Die Beziehung zwischen Sora und seinen Freunden, insbesondere zu Riku und Kairi, wird weiter vertieft, während gleichzeitig neue Charaktere wie Roxas und Naminé eine wichtige Rolle in der Entwicklung der Geschichte spielen. Roxas, der als Nobody von Sora fungiert, hat eine eigene komplexe Hintergrundgeschichte, die im Laufe der Handlung enthüllt wird und die Verbindung zwischen den beiden Charakteren verdeutlicht.

Die Handlung erreicht ihren Höhepunkt in einem epischen Kampf gegen Xemnas und die Organisation XIII, bei dem Sora und seine Freunde ihre Stärke und ihren Zusammenhalt unter Beweis stellen müssen. Die finale Konfrontation führt zu einem emotionalen Abschluss, der die Themen der Serie zusammenfasst und den Weg für zukünftige Abenteuer ebnet. Die Manga-Adaption bleibt dabei eng an der Vorlage des Videospiels, bietet jedoch zusätzliche Einblicke in die Gedanken und Emotionen der Charaktere, was die Handlung noch tiefer und facettenreicher gestaltet.