"Rahxephon BIBLE 【Analysis Phase】 (Manga)" ist eine Adaption der gleichnamigen Anime-Serie, die in einer komplexen, von Science-Fiction und mystischen Elementen geprägten Welt spielt. Die Handlung dreht sich um Ayato Kamina, einen Jugendlichen, der in der abgeschotteten Stadt Tokyo Jupiter lebt, die von einer mysteriösen Barriere umgeben ist. Die Bewohner dieser Stadt glauben, dass der Rest der Welt zerstört wurde. Ayatos Leben ändert sich radikal, als er auf Haruka Shitow trifft, eine Agentin der Organisation TERRA, die außerhalb von Tokyo Jupiter operiert. Haruka enthüllt, dass die Welt außerhalb der Barriere weiterhin existiert und dass Tokyo Jupiter von den Mu, einer fremden Rasse, kontrolliert wird.

Ayato wird in die Kämpfe zwischen TERRA und den Mu hineingezogen, als er den Rahxephon entdeckt, einen riesigen humanoide Maschine, die nur er steuern kann. Der Rahxephon ist ein Schlüsselelement im Konflikt zwischen den Menschen und den Mu, da er über immense Macht verfügt und eine zentrale Rolle in der Schicksalsbestimmung der Welt spielt. Während Ayato lernt, den Rahxephon zu kontrollieren, wird er mit Fragen nach seiner Identität, seiner Herkunft und seiner Rolle in diesem Krieg konfrontiert.

Die Geschichte ist durchzogen von Themen wie Identität, Schicksal und den Grenzen zwischen Realität und Illusion. Ayato erfährt, dass er selbst eine Verbindung zu den Mu hat, was seine Loyalität und sein Verständnis von Gut und Böse in Frage stellt. Neben Ayato und Haruka spielen weitere Charaktere wie Quon Kisaragi, eine rätselhafte junge Frau mit engen Verbindungen zu den Mu, und Jin Kunugi, ein Kommandant von TERRA, wichtige Rollen. Ihre Handlungen und Beziehungen zueinander tragen zur komplexen Handlung bei, die sich um den Kampf um die Kontrolle über den Rahxephon und die Zukunft der Menschheit dreht.

Die Handlung ist dicht und vielschichtig, mit zahlreichen Wendungen und Enthüllungen, die die Motivationen der Charaktere und die Natur ihrer Welt immer wieder in Frage stellen. Der Manga behält dabei den mystischen und philosophischen Unterton der Anime-Vorlage bei und vertieft die Hintergründe der Charaktere und die Mythologie der Rahxephon-Welt.