Die Manga-Serie "Persona 3" basiert auf dem gleichnamigen Rollenspiel und erzählt die Geschichte einer Gruppe von Schülern, die gegen mysteriöse Kreaturen namens Schatten kämpfen. Der Protagonist, ein namenloser Transferstudent, zieht nach Iwatodai und tritt der Gekkoukan High School bei. Bald darauf wird er in die geheime Gruppe "SEES" (Specialized Extracurricular Execution Squad) aufgenommen, die sich mit den Schatten auseinandersetzt, die während der sogenannten "Dark Hour" auftauchen. Die Dark Hour ist eine versteckte Zeitspanne zwischen einem Tag und dem nächsten, die nur bestimmte Personen wahrnehmen können.

Die Mitglieder von SEES nutzen ihre "Personas", Manifestationen ihrer inneren Psyche, um gegen die Schatten zu kämpfen. Der Protagonist entdeckt, dass er die Fähigkeit besitzt, mehrere Personas zu beherrschen, eine seltene Gabe, die ihn zu einem zentralen Mitglied der Gruppe macht. Die Handlung konzentriert sich auf die Entwicklung der Charaktere, ihre persönlichen Konflikte und die Beziehungen untereinander, während sie gemeinsam gegen die Bedrohung durch die Schatten und die geheimnisvolle Tartarus-Turmstruktur kämpfen.

Ein zentrales Thema der Geschichte ist die Auseinandersetzung mit dem Tod und der Sinn des Lebens. Die Charaktere müssen sich mit ihren Ängsten, Verlusten und der Vergänglichkeit auseinandersetzen, was sich in ihren Personas und ihrer Motivation widerspiegelt. Neben den Kämpfen gegen die Schatten gibt es auch eine tiefgründige Erforschung der menschlichen Psyche und der Bedeutung von Beziehungen.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als die Gruppe erfährt, dass die Schatten und die Dark Hour mit einem größeren, apokalyptischen Ereignis verbunden sind, das die Welt bedroht. Die Charaktere müssen schwierige Entscheidungen treffen, um das Schicksal der Menschheit zu beeinflussen. Die Geschichte endet mit einem emotionalen und nachdenklich stimmenden Finale, das die Themen der Serie zusammenfasst und den Protagonisten vor eine ultimative Wahl stellt.