幕末の京都。芹沢鴨という強烈な支柱を失った壬生浪士組（ミブロ）は、近藤勇の主導のもと隊名を新選組と改め、荒れ狂う京の治安を守る組織として再出発を果たす。その中に、白い髪と青い瞳を持つ一人の少年、ちりぬにおがいる。団子屋で育った心優しいにおは、土方歳三との出会いをきっかけにミブロへ入隊し、弱きを守りたいという自らの正義を胸に、監察方として活動している。同年代の三匹の狼と呼ばれる仲間、口が悪く剣の道を究めんとする斎藤はじめ、したたかで毒舌家だが根は脆い芹沢太郎と共に、彼らは刀を振るいながら青春のただ中を駆け抜ける。

新選組としての歩みは、決して平穏ではなかった。隊は厳格な局中法度を定め規律を強化するが、その重圧に耐えかねて去る者も現れる。そんな中、謎の剣客・岡田以蔵が現れ隊士を殺害する事件が発生する。以蔵との対峙は、常に笑顔を絶やさない天才剣士・沖田総司の秘められた過去を暴き出すことになる。また、藤堂平助は仲間の死に自責の念を募らせ、かつての芹沢五人衆の一人・野口健司の不審な行動が表面化する。野口は隊の資金を不正に流用した罪により切腹を命じられ、この一件は副長の一人・山南敬助の心に深い影を落とす。

やがて新選組は、将軍・徳川家茂の再上洛に伴う警護任務を命じられる。大坂での新たな出会いと任務を経て、京都では討幕派浪士たちの不穏な動きが激しさを増す。物語は新選組最大の修羅場とされる池田屋事変へと突入し、におや仲間たちは理想と現実の狭間で過酷な戦いに身を投じていく。時は流れ、山南の切腹、将軍家茂の死といった激動の出来事が次々と起こる。にお、はじめ、太郎も十七歳の青年へと成長する。そんな中、新選組の分派として御陵衛士創設の話が持ち上がり、隊士たちは新選組に残るか御陵衛士へ移るかの選択を迫られる。病床に伏す沖田の下を訪れた藤堂は、幼き頃より共に在った友のために一つの決断をする。揺れる思いが絡み合い、少年たちはそれぞれの信念を胸に、一つの道へと導かれていく。