"Spy Classroom" ist eine Manga-Serie, die in einer Welt angesiedelt ist, in der Spionage und Geheimdienstoperationen eine zentrale Rolle spielen. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von angehenden Spionen, die aufgrund ihrer vermeintlichen Unzulänglichkeiten als gescheiterte Kandidaten gelten. Diese Gruppe wird unter der Leitung von Klaus, einem hochqualifizierten und mysteriösen Meisterspion, zusammengeführt. Klaus hat die Aufgabe, die Gruppe auf eine nahezu unmögliche Mission vorzubereiten, die als "Unmögliche Mission" bekannt ist.

Die Hauptcharaktere sind Lily, eine junge Frau mit einem fotografischen Gedächtnis, aber mangelnden praktischen Fähigkeiten; Grete, die über außergewöhnliche körperliche Fähigkeiten verfügt, jedoch unter sozialer Angst leidet; Sybilla, die über ausgezeichnete analytische Fähigkeiten verfügt, aber emotional instabil ist; Monika, die über hervorragende Tarnfähigkeiten verfügt, aber an Selbstzweifeln leidet; und Sara, die über eine außergewöhnliche Intuition verfügt, aber oft unberechenbar ist. Jeder Charakter bringt einzigartige Stärken und Schwächen mit, die im Verlauf der Geschichte sowohl als Hindernisse als auch als Vorteile dienen.

Die Handlung entwickelt sich um die Ausbildung und die Missionen der Gruppe, wobei der Fokus auf der Entwicklung ihrer Fähigkeiten und der Überwindung ihrer individuellen Schwächen liegt. Klaus, der als Mentor fungiert, stellt die Gruppe vor eine Reihe von Herausforderungen, die ihre Grenzen testen und sie dazu zwingen, als Team zusammenzuarbeiten. Die Missionen sind oft komplex und erfordern nicht nur physische, sondern auch strategische und psychologische Fähigkeiten.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Motivationen, Spione zu werden, näher beleuchtet. Dabei werden auch die politischen und sozialen Konflikte der Welt, in der sie leben, thematisiert. Die Serie kombiniert Elemente von Action, Drama und Humor, während sie gleichzeitig die Themen Vertrauen, Teamarbeit und persönliches Wachstum erforscht. Die Charaktere entwickeln sich sowohl individuell als auch als Gruppe, was zu einer dynamischen und fesselnden Erzählung führt.