"Spy Classroom" ist eine Manga-Serie, die in einer Welt angesiedelt ist, in der Spionage und Geheimdienstoperationen eine zentrale Rolle spielen. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von angehenden Spionen, die aufgrund ihrer vermeintlichen Unzulänglichkeiten als gescheiterte Kandidaten für den Geheimdienst gelten. Diese Jugendlichen werden in einer speziellen Einheit, dem sogenannten "Spy Classroom", zusammengeführt, um unter der Leitung eines mysteriösen und hochbegabten Meisterspions, Klaus, ausgebildet zu werden.

Klaus, der als einer der besten Spione der Welt gilt, hat die Aufgabe, diese scheinbar ungeeigneten Schüler in effiziente Agenten zu verwandeln. Jeder der Schüler besitzt jedoch verborgene Talente oder einzigartige Fähigkeiten, die im Laufe der Ausbildung entdeckt und gefördert werden. Die Gruppe besteht aus einer Vielzahl von Charakteren, darunter Lily, eine junge Frau mit außergewöhnlicher Beobachtungsgabe, und Grete, die trotz ihrer scheinbaren Naivität über ein beeindruckendes Gedächtnis verfügt. Weitere Mitglieder sind Monika, die über eine besondere Fähigkeit zur Tarnung verfügt, und Sara, die trotz ihrer körperlichen Schwächen eine ausgeprägte strategische Denkweise besitzt.

Die Handlung folgt den Herausforderungen, denen sich die Gruppe im Rahmen ihrer Ausbildung stellen muss. Dabei werden sie mit gefährlichen Missionen konfrontiert, die ihre Fähigkeiten und ihren Zusammenhalt auf die Probe stellen. Die Missionen sind oft komplex und erfordern nicht nur physische Geschicklichkeit, sondern auch strategisches Denken und emotionale Intelligenz. Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Motivationen, Spione zu werden, näher beleuchtet, was zu einer Vertiefung ihrer Persönlichkeiten und Beziehungen untereinander führt.

Ein zentrales Thema der Serie ist die Entwicklung der Schüler von scheinbaren Außenseitern zu kompetenten Spionen, die ihre individuellen Stärken nutzen, um als Team erfolgreich zu sein. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen Klaus und seinen Schülern untersucht, wobei seine Methoden und seine Vergangenheit immer wieder Fragen aufwerfen. Die Serie kombiniert Elemente von Spannung, Action und Charakterentwicklung, wobei die Balance zwischen den persönlichen Geschichten der Charaktere und den spannungsgeladenen Missionen im Vordergrund steht.