"Netoge no Yome wa Onna no ko ja Nai to Omotta?" ist eine Manga-Serie, die sich um die Themen Online-Spiele, Identität und Beziehungen dreht. Die Handlung konzentriert sich auf Hideki Nishimura, einen Schüler, der nach einer negativen Erfahrung in einem Online-Spiel eine Abneigung gegen weibliche Spieler entwickelt hat. Er glaubt, dass sich hinter weiblichen Avataren oft Männer verbergen. Dies ändert sich, als er im Spiel "Legendary Age" die Spielerin Ako Tamaki kennenlernt, die sich als seine virtuelle Ehefrau bezeichnet. Ako ist leidenschaftlich in das Spiel vertieft und behandelt ihre Beziehung zu Hideki im Spiel äußerst ernst.

Als Hideki und Ako sich schließlich in der realen Welt treffen, stellt sich heraus, dass Ako tatsächlich ein Mädchen ist und sogar Hidekis Klassenkameradin. Ako hat jedoch Schwierigkeiten, zwischen der virtuellen und der realen Welt zu unterscheiden, und betrachtet Hideki weiterhin als ihren Ehemann. Hideki versucht, Ako zu helfen, die Grenzen zwischen Spiel und Realität zu erkennen, während er gleichzeitig seine eigenen Vorurteile überwinden muss.

Weitere Charaktere spielen eine wichtige Rolle in der Geschichte, darunter Rusian und Schwein, zwei weitere Mitglieder ihrer Gilde im Spiel. Rusian, dessen echter Name Kyou Goshoin ist, ist ein erfahrener Spieler und fungiert oft als Vermittler zwischen Hideki und Ako. Schwein, eigentlich Akane Segawa, ist eine weitere Klassenkameradin und eine enge Freundin von Ako. Sie ist pragmatisch und unterstützt Hideki bei seinen Bemühungen, Ako zu helfen.

Die Serie erkundet die Dynamik zwischen den Charakteren, sowohl im Spiel als auch im wirklichen Leben, und thematisiert die Herausforderungen, die entstehen, wenn virtuelle Beziehungen in die reale Welt übertragen werden. Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus humorvollen und emotionalen Momenten, während die Charaktere lernen, mit ihren Gefühlen und Erwartungen umzugehen.