田舎町の靴屋で働く少女エデルは、ひとりでに動く母の遺品である赤い靴を抱えていた。シンデレラの末裔を名乗るディセント伯爵家が、いわくつきの靴を蒐集しているという噂を聞きつけたエデルは、その靴を鑑定してもらうために次期当主アランのもとを訪れる。ところがアランは、童話の裏に隠されたシンデレラの真実を告げ、エデルから赤い靴を取り上げてしまう。母の死の真相を確かめるため、極度の人見知りでありながら、エデルはアランが経営する靴店「ガラスドーム」で働くことを決意する。店では厳しくも真摯なアランや個性的な職人たちとともに、魔術師の靴と呼ばれる危険な靴の蒐集・管理に携わることになる。赤い靴にまつわる母の過去、ディセント家に伝わる秘密、そして次第に芽生えるアランへの恋心。事件を追うごとに、魔術師の靴にまつわる様々な人々の思惑や悲劇が明らかになり、エデルは自らのルーツと向き合うことになる。身分差と家族の因習に抗いながら、エデルは靴職人としても女性としても成長していく。