Im Manga "Pokémon the Film: Genesect und die erwachte Legende" wird die Geschichte rund um die legendären Pokémon Genesect und Mewtwo erzählt. Die Handlung beginnt mit der Entdeckung von fünf Genesect, die vor Millionen von Jahren ausgestorben waren und nun durch Team Plasma wiederbelebt wurden. Diese Pokémon wurden genetisch modifiziert und mit Kanonen auf ihren Rücken ausgestattet, was sie zu mächtigen, aber auch unberechenbaren Kreaturen macht. Die Genesect sind auf der Suche nach einem neuen Zuhause, da ihr ursprünglicher Lebensraum durch die moderne Zivilisation zerstört wurde.

Ash, Pikachu und ihre Freunde treffen auf die Genesect, als diese in die Stadt eindringen und Chaos verursachen. Dabei begegnen sie auch Mewtwo, das in einer neuen Form auftritt und versucht, die Situation zu deeskalieren. Mewtwo, das selbst ein genetisch geschaffenes Pokémon ist, fühlt sich mit den Genesect verbunden und versucht, ihnen zu helfen, ein neues Zuhause zu finden. Allerdings gerät die Situation außer Kontrolle, als der Anführer der Genesect, das Rote Genesect, aggressiv wird und Mewtwo herausfordert.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Genesect nicht von Natur aus bösartig sind, sondern durch ihre genetischen Veränderungen und den Verlust ihres Lebensraums verwirrt und verängstigt sind. Ash und seine Freunde setzen sich dafür ein, einen Weg zu finden, den Konflikt zu lösen und den Genesect zu helfen. Mewtwo spielt eine zentrale Rolle, indem es versucht, zwischen den Genesect und den Menschen zu vermitteln und eine friedliche Lösung zu finden.

Der Höhepunkt der Handlung ist ein intensiver Kampf zwischen Mewtwo und dem Roten Genesect, bei dem beide ihre volle Stärke zeigen. Schließlich gelingt es Mewtwo, das Rote Genesect zu beruhigen und ihm zu zeigen, dass es einen Ort gibt, an dem die Genesect in Frieden leben können. Die Geschichte endet mit der Hoffnung auf ein harmonisches Zusammenleben zwischen Pokémon und Menschen, wobei Mewtwo und die Genesect in eine neue Zukunft aufbrechen.