"Infinite Dendrogram (Manga)" spielt in einer futuristischen Welt, in der ein immersives Virtual-Reality-MMORPG namens "Infinite Dendrogram" die Spieler in eine hyperrealistische Fantasiewelt eintauchen lässt. Die Handlung beginnt mit dem Protagonisten Reiji Mukudori, einem jungen Mann, der das Spiel zum ersten Mal betritt, um seinem älteren Bruder Shu zu folgen, einem erfahrenen Spieler. Reiji wählt den Avatar Ray Starling, einen "Embryo"-Typ, der einzigartige Fähigkeiten besitzt, die sich im Laufe des Spiels entwickeln.

Im Spiel treffen die Spieler auf sogenannte "Embryos", mysteriöse Wesen, die als Begleiter fungieren und spezielle Kräfte verleihen. Reijis Embryo, Nemesis, ist eine seltene und mächtige Kreatur, die ihm im Kampf und bei der Erkundung der Spielwelt hilft. Die Spielwelt von "Infinite Dendrogram" ist komplex und voller Geheimnisse, mit einer Vielzahl von Fraktionen, Monstern und anderen Spielern, die ihre eigenen Ziele verfolgen.

Die Handlung entwickelt sich um Reijis Abenteuer, während er die Spielwelt erkundet, auf andere Spieler und NPCs trifft und sich verschiedenen Herausforderungen stellt. Dabei stößt er auf die "Superiors", eine Gruppe von Top-Spielern, die über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügen und die Spielwelt maßgeblich beeinflussen. Reiji lernt schnell, dass das Spiel mehr ist als nur Unterhaltung – es birgt tiefgreifende Geheimnisse und Konsequenzen, die auch die reale Welt betreffen könnten.

Die Charaktere sind vielfältig und gut ausgearbeitet, wobei Reijis Entwicklung im Mittelpunkt steht. Neben ihm spielen Figuren wie Shu, der als erfahrener Spieler oft als Mentor fungiert, und Nemesis, die sowohl als Begleiterin als auch als eigenständige Persönlichkeit agiert, eine zentrale Rolle. Die Interaktionen zwischen den Charakteren und die Dynamik ihrer Beziehungen tragen zur Tiefe der Geschichte bei.

Die Handlung kombiniert Elemente von Action, Abenteuer und Mystery, wobei die Grenzen zwischen virtueller und realer Welt zunehmend verschwimmen. Die Spielmechaniken und die Logik der Spielwelt werden detailliert erklärt, was die Geschichte für Fans von MMORPGs und Fantasy besonders ansprechend macht. Gleichzeitig werden ethische Fragen und die Auswirkungen von Technologie auf die Gesellschaft thematisiert, was der Handlung eine zusätzliche Dimension verleiht.