"Pocket Monsters: Mewtwo Strikes Back!" ist ein Manga, der auf dem gleichnamigen Pokémon-Film basiert und die Geschichte von Mewtwo, einem genetisch erschaffenen Pokémon, erzählt. Der Manga beginnt mit der Entstehung Mewtwos, das aus der DNA des legendären Pokémon Mew entwickelt wurde. Wissenschaftler, angeführt von Dr. Fuji, erschaffen Mewtwo in einem geheimen Labor, um das stärkste Pokémon aller Zeiten zu erschaffen. Mewtwo erwacht jedoch mit einem tiefen Gefühl der Verwirrung und Wut über seine Existenz und zerstört das Labor, um seine eigene Bestimmung zu finden.

Die Handlung verlagert sich dann zu Ash Ketchum, Misty und Brock, die eine Einladung von einem mysteriösen Trainer erhalten. Sie reisen zu einer abgelegenen Insel, wo sie auf Mewtwo treffen, das eine Armee von geklonten Pokémon erschaffen hat. Mewtwo lädt die besten Trainer der Welt ein, um ihre Pokémon gegen seine Klone kämpfen zu lassen, mit dem Ziel, die Überlegenheit seiner Schöpfungen zu beweisen. Ash und seine Freunde nehmen an diesem Kampf teil, werden jedoch schnell mit der moralischen Fragwürdigkeit der Situation konfrontiert.

Während der Kämpfe wird deutlich, dass Mewtwos Absichten nicht nur auf den Sieg abzielen, sondern auch auf die Infragestellung der Beziehung zwischen Pokémon und ihren Trainern. Mewtwo glaubt, dass Pokémon von Menschen unterdrückt werden, und plant, die Welt zu beherrschen, um dies zu ändern. Ash und seine Freunde versuchen, Mewtwo davon zu überzeugen, dass die Bindung zwischen Pokémon und Trainern auf Freundschaft und Respekt basiert, nicht auf Unterdrückung.

Der Höhepunkt der Geschichte erreicht seinen Höhepunkt, als Ash sich opfert, um einen Kampf zwischen Mewtwo und Mew zu beenden. Ashs selbstlose Tat bewegt Mewtwo, das schließlich seine Einstellung ändert und die Insel verlässt, um einen neuen Weg zu finden. Der Manga endet mit der Hoffnung, dass Mewtwo eines Tages den wahren Sinn der Existenz verstehen wird.

Die Charaktere im Manga sind eng an ihre Anime- und Spiel-Gegenstücke angelehnt. Ash Ketchum ist der entschlossene und mitfühlende Protagonist, der stets das Beste für seine Pokémon will. Misty und Brock unterstützen ihn als treue Freunde und Trainer. Mewtwo wird als komplexer Antagonist dargestellt, dessen Handlungen von einem tiefen inneren Konflikt und dem Wunsch nach Verständnis getrieben sind. Der Manga behält den Kern der Pokémon-Welt bei, während er eine düstere und nachdenkliche Geschichte über Identität, Ethik und die Beziehung zwischen Mensch und Pokémon erzählt.