"Speed Grapher" spielt in einem dystopischen Tokio der nahen Zukunft, in dem die Gesellschaft von einer tiefen Kluft zwischen Arm und Reich geprägt ist. Die Geschichte beginnt mit Saiga, einem ehemaligen Kriegsfotografen, der nach dem Verlust seiner Karriere als Paparazzo arbeitet. Er gerät in die Unterwelt der Stadt und stößt auf einen exklusiven Club namens "Roppongi Club", der von der mysteriösen und mächtigen Kagura Corporation kontrolliert wird. Dieser Club ist ein Treffpunkt für die Elite, die dort ihre perversesten Gelüste ausleben kann.

Im Club trifft Saiga auf Tennouzu Kagura, die Tochter des Firmenchefs, die als Medium für eine bizarre Zeremonie missbraucht wird. Durch einen unglücklichen Zufall wird Saiga mit einem speziellen Serum infiziert, das ihm übernatürliche Fähigkeiten verleiht: Seine Kamera kann nun alles, was er fotografiert, explodieren lassen. Gleichzeitig entwickelt Tennouzu die Fähigkeit, durch ihre Berührung Menschen in einen euphorischen Zustand zu versetzen. Die beiden fliehen aus dem Club und werden zu Gejagten, da die Kagura Corporation ihre Geheimnisse schützen will.

Während ihrer Flucht decken Saiga und Tennouzu die Machenschaften der Kagura Corporation auf, die hinter der Verbreitung des Serums steht. Dieses Serum verleiht bestimmten Personen übernatürliche Kräfte, die jedoch oft mit schwerwiegenden Nebenwirkungen verbunden sind. Die Handlung entfaltet sich als eine Mischung aus Action, Mystery und politischem Thriller, wobei die Charaktere in eine komplexe Welt von Korruption, Machtspielen und moralischen Abgründen verstrickt sind.

Saiga, der von seiner Vergangenheit als Kriegsfotograf gezeichnet ist, entwickelt eine schützende Beziehung zu Tennouzu, die selbst ein Symbol für Unschuld und Rebellion gegen das System darstellt. Ihre gemeinsame Reise führt sie durch verschiedene Schauplätze Tokios, von den schäbigen Slums bis zu den luxuriösen Hochburgen der Elite. Dabei treffen sie auf eine Vielzahl von Charakteren, darunter andere mit übernatürlichen Fähigkeiten, die entweder Verbündete oder Feinde werden.

Die Handlung erforscht Themen wie Gier, Machtmissbrauch und die Auswirkungen von Technologie auf die menschliche Natur. Die Kagura Corporation steht im Zentrum dieser Konflikte, da sie versucht, ihre Kontrolle über die Gesellschaft zu festigen, während Saiga und Tennouzu sich bemühen, die Wahrheit ans Licht zu bringen und die Korruption zu bekämpfen. Die Geschichte endet mit einem dramatischen Showdown, der die Schicksale der Hauptfiguren und die Zukunft der Gesellschaft in Frage stellt.