いいゴミ、見～っけ。オフィス清掃会社ビルピッカーで働く清掃員のまゆは、ゴミを通して企業内部の問題を暴く特命清掃員という顔を持つ。会社が請け負うのは清掃だけではない。怪しまれずにオフィスに出入りでき、捨てられた書類やメモといった個人情報に触れられる立場を活かし、社内の人間関係調査やトラブル解決を密かに受託しているのだ。

相棒の新垣（ガキさん）と共に派遣される先々で、まゆはパワハラ、セクハラ、いじめ、不倫、背任行為など組織に蔓延る悪を暴き出す。その手口は徹底した観察と廃棄物の分析に基づく。ゴミ箱の中の一枚のレシートから社内不倫を嗅ぎつけ、社員同士の陰湿ないじめの構図を浮かび上がらせる。清掃員という仮面を被ったスパイのような彼女の瞳は、問題を秘めたゴミを見つけた時に鋭く光る。

最初のエピソードでは、パワハラで有力な社員が退社したばかりの企業に派遣される。中途入社したばかりの美人社員・鈴木をめぐる周囲の態度に違和感を覚えたまゆたちは、彼女を標的にする同僚・郷田と、郷田と不倫関係にある部長・阿川の存在を炙り出す。しかし、いじめの裏にはさらに悪質なセクハラ常習犯である阿川の存在があり、まゆたちは次の標的にされかける鈴木を救うべく奔走する。

続くシーズン2では、より深刻な闇を抱える現場へと向かう。家庭用品メーカーに派遣された二人は、爽やかな好青年でありながら、秘書の女性社員を自殺に追いやったエリート跡取り息子の事業部長・草崎大介の調査を依頼される。遺された日記には彼の裏の顔が綴られており、まゆたちは半グレの溜まり場への潜入という危険を冒して決定的な証拠のDVDを入手しようとするが、そこには内部からの情報漏洩という新たな壁が立ちはだかる。