パワハラ、過重労働、不当賃金、極悪ノルマ――現代日本の労働現場にいまだはびこるブラック企業の無法地帯と戦うため、自らもブラック企業での勤務経験を持つ新米弁護士・水城リコが動き出す。リコは先輩弁護士・不知火の紹介で「きさらぎ法律事務所」に勤めることになり、そこでヒーロー弁護士と呼ばれる如月樹の圧倒的な手腕を目の当たりにする。如月は労働者側に立ち、理不尽な経営者や組織に対して法的手段で徹底的に闘う型破りな弁護士であり、リコは彼の下で働きながら、苦しむ労働者を救うための退職代行や労働問題の解決に奔走する。

本作は、リコの視点を中心に、如月や不知火、事務所のスタッフたちがそれぞれの事件に取り組む姿を描く。各エピソードでは、上司からのハラスメントに耐える営業職の男性、無理なノルマを課す代理店、洗脳まがいの自己啓発セミナーを運営する会社など、現実に存在しうる過酷な労働環境がクローズアップされる。リコ自身もかつて苦しんだ経験から依頼人に共感しつつ、ときに感情的になりがちだが、如月の冷静な戦略と不知火の粘り強い交渉によって事件は解決へと導かれる。

タイトルにもある「本懐」という言葉が示すように、如月樹がヒーロー弁護士として活動する真の目的や過去に何があったのかが徐々に明かされていく。リコの成長とともに、働くことの意味、辞めるという選択の正当性、そして労働者を守るための法の力を問いかける労働譚が展開される。シリーズ前作『さよならブラック企業 働く人の最後の砦「退職代行」』の続編にあたり、全2巻で完結している。