新宿二丁目にある少し古びた小さな食堂が物語の中心だ。派手なネオンが瞬く街の中でひっそりと営業するその店には、さまざまな背景を持つ人々が集まり、憩いの場となっている。メニューは家庭的な和食中心で、見た目は地味ながらも深みのある味わいが特徴である。店を切り盛りするのは、無愛想だが料理の腕は確かなゲイの店長、大村だ。彼は「味が命」を信条とし、盛り付けを全く気にしないため、出される料理はほぼ茶色一色である。

そこに、どの職場でも疎外感を感じて仕事が続かなかった田中みのりが、ひょんなことからアルバイトとして加わる。みのりは自分で料理をするとおにぎりが甘くなるなど壊滅的な調理スキルしか持たないが、盛り付けのセンスは天才的であり、大村の地味な料理をSNS映えするように変身させる。大村はみのりの料理への愛情を感じ取り、彼女を雇う決断をする。

食堂には他にも個性的な面々がいる。大村の腐れ縁で自称看板娘のオネエ系スタッフ、タケルは行動力とコミュニケーション能力が高く、店内のムードメーカー的な存在だ。常連客として、イケメンのカメラマンアシスタントであるミトくんがおり、大村に密かな好意を抱いている。ミトくんも大村に惹かれているが、過去にダメ男ばかり選んできたトラウマから恋愛に及び腰であり、二人は友達以上恋人未満のもどかしい関係が続く。周囲、特にタケルとみのりにはその想いがダダ漏れで、からかいのネタにされている。

物語は、みのりの加入によって食堂に新たな風が吹き込まれるところから始まる。大村の料理は味は最高だが地味で、みのりの盛り付けで店のカレーライスや惣菜が華やかになり、客足も好調になる。一方、大村はミトくんに気に入られようと、見た目を意識した新メニュー開発に挑戦するが、結果は散々で、結局いつもの茶色い料理に戻るというコミカルな展開が描かれる。

明るいコメディの中には、重いテーマも織り交ぜられている。大村は父親にゲイであることをカミングアウトし勘当されており、定食屋の父親に憧れて料理人を志したのに受け入れてもらえなかった過去を持つ。料理学校時代もゲイであることを隠すことに恐怖を感じていた。タケルにも同様に勘当された過去が掘り下げられる。ミトくんも過去の恋愛失敗体験から良好な関係を恐れ、踏み出せずにいる。みのりは多数派であるストレート女性として、マイノリティである彼らにフラットに接する存在であり、境界を超えた理想的な関係性を体現している。大村は「二丁目はマイノリティーがマジョリティーになる場所」と語り、作品全体のテーマを象徴する。

2巻では、口下手な大村が少しずつミトに心を開き、互いのコンプレックスを補い合う関係が深まっていく。二人が惹かれ合う過程で、相手の視点から自分の短所を見つめ直すシーンが感動的に描かれる。タケルの行動力がストーリーを動かし、店メンバーでの外出イベントなどで恋の後押しをする。みのりのドジが引き起こすコミカルなトラブルも健在で、シリアスと笑いのバランスが絶妙である。2巻時点でまだ正式に付き合う段階には至っていないものの、二人の距離は確実に縮まっており、周囲の応援やからかいが二人の関係を優しく後押しする。食堂の常連たちや新キャラの登場も今後の見どころとなっている。