"Zegapain" ist eine Science-Fiction-Anime-Serie, die in einer dystopischen Zukunft spielt, in der die Menschheit gegen eine mysteriöse feindliche Kraft namens "Gards-ORM" kämpft. Die Handlung dreht sich um Kyo Sogoru, einen Highschool-Schüler, der ein normales Leben führt, bis er eines Tages in einen Kampf zwischen zwei Fraktionen hineingezogen wird. Er erfährt, dass die Welt, die er kennt, eine simulierte Realität ist, die von den Gards-ORM geschaffen wurde, um die Menschheit zu kontrollieren. Die wahre Menschheit lebt in einer postapokalyptischen Welt und kämpft ums Überleben.

Kyo wird Mitglied der Widerstandsgruppe "Cerulean Guard", die in riesigen mechanischen Kampfrobotern, den sogenannten "Zegas", gegen die Gards-ORM kämpft. Im Laufe der Serie entdeckt Kyo, dass er selbst ein künstliches Wesen ist, ein "Server", das in der simulierten Realität existiert, um die Erinnerungen und Emotionen der echten Menschen zu bewahren. Seine Identität und seine Beziehung zu anderen Charakteren, insbesondere zu Shizuno Misaki, einer mysteriösen und fähigen Pilotin, werden zunehmend komplexer.

Die Serie untersucht Themen wie Realität, Identität und das Wesen des menschlichen Bewusstseins. Kyo muss sich mit der Frage auseinandersetzen, was es bedeutet, wirklich zu existieren, während er gleichzeitig versucht, die wahre Welt vor der Zerstörung zu bewahren. Die Handlung ist durchzogen von philosophischen Überlegungen und emotionalen Konflikten, die die Charaktere in ihrer Suche nach Wahrheit und Rettung antreiben.