"Fafner" ist eine Science-Fiction-Anime-Serie, die in einer postapokalyptischen Welt spielt. Die Handlung dreht sich um die Bewohner der Insel Tatsumiyajima, die in einer abgeschirmten Gemeinschaft leben, um sich vor den Feinden der Menschheit, den Festum, zu schützen. Die Festum sind außerirdische Wesen, die die Erde infiltriert haben und die menschliche Zivilisation bedrohen. Die Inselbewohner entwickeln riesige humanoide Kampfmaschinen, genannt Fafner, um gegen die Festum zu kämpfen.

Die Geschichte beginnt mit dem Protagonisten Kazuki Makabe, einem Jugendlichen, der in der scheinbar friedlichen Gemeinschaft aufwächst. Als die Festum die Insel angreifen, wird Kazuki gezwungen, den Fafner "Mark Elf" zu pilotieren, um seine Heimat zu verteidigen. Dabei entdeckt er, dass die Insel und ihre Bewohner Teil eines größeren, geheimnisvollen Plans sind, der mit der Existenz der Festum und der wahren Natur der Menschheit zusammenhängt.

Im Laufe der Serie wird die komplexe Beziehung zwischen den Menschen und den Festum weiter erforscht. Die Festum sind nicht nur einfache Feinde, sondern besitzen eine eigene Logik und Motivation, die oft unverständlich erscheint. Die Piloten der Fafner, darunter auch Kazukis Freund Soushi Minashiro, müssen nicht nur physische, sondern auch psychologische Herausforderungen bewältigen, da die Fafner ihre Piloten auf eine Weise beeinflussen, die ihre Identität und ihr Bewusstsein verändern kann.

Die Serie behandelt Themen wie Identität, Existenz und die moralischen Dilemmata des Krieges. Die Charaktere müssen sich mit Fragen auseinandersetzen, was es bedeutet, Mensch zu sein, und wie weit sie gehen sollten, um zu überleben. Neben Kazuki und Soushi spielen auch andere Piloten und Bewohner der Insel eine wichtige Rolle, darunter Maya Tōmi, die als Kommunikationsspezialistin fungiert, und Canon Memphis, eine junge Frau, die eine besondere Verbindung zu den Festum hat.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus intensiven Kampfszenen, emotionalen Momenten und philosophischen Überlegungen. Die Serie baut eine dichte Atmosphäre auf, in der die Bedrohung durch die Festum stets präsent ist, während gleichzeitig die inneren Konflikte der Charaktere im Vordergrund stehen. "Fafner" bietet eine tiefgründige Erzählung, die sowohl actionreiche als auch nachdenkliche Elemente vereint.