Die zweite Staffel von *Asura Cryin'* setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die komplexe Geschichte um Tomoharu Natsume, einen Schüler, der mit übernatürlichen Phänomenen und einer mysteriösen Maschine namens "Asura Machina" konfrontiert wird. Tomoharu lebt mit der Geistererscheinung seiner verstorbenen Freundin Misao Minakami zusammen, die durch einen tragischen Unfall ums Leben kam. Ihre Anwesenheit ist eng mit der Asura Machina verbunden, einer mächtigen Waffe, die sowohl von menschlichen als auch übernatürlichen Kräften begehrt wird.

Im Zentrum der Handlung steht der Konflikt um die Asura Machina, die als Schlüssel zur Kontrolle über die Welt der Geister und der Lebenden gilt. Verschiedene Fraktionen, darunter die Organisation "Kurogane" und die mysteriösen "Engel", kämpfen um die Vorherrschaft. Tomoharu wird in diesen Konflikt hineingezogen, da er als "Asura Cryin'" eine besondere Verbindung zu den Maschinen und der Geisterwelt hat. Seine Rolle als Träger der Asura Machina macht ihn zur Zielscheibe, während er gleichzeitig versucht, Misao zu schützen und ihre Existenz zu bewahren.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Enthüllungen und Wendungen, die die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre Motivationen verdeutlichen. Tomoharus Freund Kanade Takatsuki, die ebenfalls eine Verbindung zur Asura Machina hat, spielt eine zentrale Rolle, da ihre Vergangenheit und ihre Fähigkeiten eng mit den Ereignissen verknüpft sind. Die Dynamik zwischen Tomoharu, Misao und Kanade wird durch die zunehmende Bedrohung durch die antagonistischen Kräfte auf die Probe gestellt.

Themen wie Schicksal, Verlust und die Grenzen zwischen Leben und Tod werden durch die Handlung und die Charakterentwicklung weiter erforscht. Die zweite Staffel baut auf den mythologischen und wissenschaftlichen Elementen der ersten Staffel auf und führt die Zuschauer tiefer in die Geheimnisse der Asura Machina und der Geisterwelt ein. Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, der das Schicksal der Charaktere und der Welt, in der sie leben, entscheidet.