In "Batman Ninja vs. Yakuza League" wird die Handlung in ein historisches Japan verlegt, wo Batman und seine Verbündeten gegen eine mächtige Yakuza-Organisation kämpfen müssen. Die Geschichte beginnt damit, dass Batman, Robin, Catwoman und andere Mitglieder des Bat-Familie durch eine Zeitmaschine ins feudale Japan transportiert werden. Dort treffen sie auf eine von Gorilla Grodd angeführte Yakuza-Liga, die aus bekannten Batman-Gegnern wie dem Joker, Two-Face, Penguin und anderen besteht. Diese haben sich zusammengeschlossen, um das Land zu beherrschen und ihre eigenen Machtinteressen durchzusetzen.

Batman muss sich in dieser fremden Welt zurechtfinden und neue Strategien entwickeln, um gegen die hochgerüsteten Yakuza-Banden zu bestehen. Dabei verbündet er sich mit lokalen Kriegern und Ninjas, die ihm helfen, die Bedrohung zu bekämpfen. Die Yakuza-Liga nutzt fortschrittliche Technologie, die sie aus der Zukunft mitgebracht hat, um riesige mechanische Samurai und andere Waffen einzusetzen, was die Herausforderung für Batman und seine Verbündeten noch größer macht.

Im Laufe der Geschichte kommt es zu intensiven Kämpfen und strategischen Manövern, bei denen Batman nicht nur seine physischen Fähigkeiten, sondern auch sein taktisches Geschick unter Beweis stellen muss. Die Charaktere müssen sich mit ihrer neuen Umgebung auseinandersetzen und lernen, die Kultur und die Kampftechniken des feudalen Japans zu nutzen, um gegen ihre Feinde zu bestehen. Die Handlung ist geprägt von Action, Intrigen und der Frage, wie Batman und seine Verbündeten die Yakuza-Liga besiegen und in ihre eigene Zeit zurückkehren können.