In "Batman Ninja" wird die ikonische Figur des Batman in das feudale Japan versetzt, wo er sich in einer Welt voller Samurai, Ninjas und mystischer Elemente wiederfindet. Die Handlung beginnt, als Gorilla Grodd eine Zeitmaschine aktiviert, die Batman, seine Verbündeten und seine größten Widersacher ins Japan des 16. Jahrhunderts transportiert. Dort übernehmen die Schurken die Kontrolle über verschiedene Regionen und etablieren sich als Kriegsherren, während Batman versucht, die Ordnung wiederherzustellen.

Die Hauptfiguren umfassen Batman selbst, der sich an die neue Umgebung anpassen und seine Technologie durch traditionelle japanische Waffen und Taktiken ersetzen muss. Begleitet wird er von Robin, Catwoman, Nightwing, Red Robin und Red Hood, die ebenfalls in der Vergangenheit gestrandet sind. Auf der Gegenseite stehen bekannte Batman-Gegner wie der Joker, der sich mit Harley Quinn verbündet, sowie Two-Face, Penguin, Deathstroke und Poison Ivy, die jeweils eigene Armeen befehligen und um die Vorherrschaft kämpfen.

Die Handlung konzentriert sich auf Batmans Bemühungen, die Zeitmaschine zurückzuerobern und in die Gegenwart zurückzukehren, während er gleichzeitig verhindern muss, dass die Schurken die Geschichte verändern. Dabei kommt es zu spektakulären Schlachten, Intrigen und unerwarteten Allianzen. Der Joker spielt eine zentrale Rolle, da er eine gigantische mechanische Festung namens "Joker's Castle" errichtet, die die gesamte Region bedroht. Im Laufe der Geschichte enthüllt sich auch eine tiefere Verbindung zwischen Batman und dem feudalen Japan, die seine Mission zusätzlich kompliziert.

Die Handlung kombiniert Elemente des klassischen Batman-Mythos mit japanischer Folklore und Ästhetik, was zu einer einzigartigen Mischung aus Superhelden-Action und historischem Drama führt. Die Charaktere müssen sich nicht nur mit ihren Feinden auseinandersetzen, sondern auch mit den Herausforderungen einer fremden Zeit und Kultur. Der Film endet mit einem epischen Showdown, der die Zukunft Japans und die Rückkehr der Helden in ihre eigene Zeit entscheidet.