"Junketsu no Maria" spielt im Frankreich des Hundertjährigen Krieges und verbindet historische Ereignisse mit fantastischen Elementen. Die Handlung dreht sich um Maria, eine junge Hexe, die in einem abgelegenen Wald lebt und sich gegen den Krieg stellt. Sie nutzt ihre magischen Fähigkeiten, um Schlachten zu verhindern und das Leiden der Menschen zu lindern. Maria wird von ihrem vertrauten, einem succubus-artigen Geist namens Artemis, begleitet, der sie oft mit sarkastischen Kommentaren unterstützt.

Trotz ihrer guten Absichten zieht Marias Einmischung in die Kriegsgeschehnisse die Aufmerksamkeit der Kirche auf sich. Der ehrgeizige Priester Ezekiel sieht in ihr eine Bedrohung für die göttliche Ordnung und beschließt, sie zu stoppen. Gleichzeitig wird Maria von Joseph, einem jungen Söldner, unterstützt, der sich in sie verliebt und versucht, sie vor den Gefahren der Welt zu schützen. Die Beziehung zwischen Maria und Joseph entwickelt sich langsam, während beide mit den moralischen und emotionalen Herausforderungen ihrer Umgebung konfrontiert werden.

Die Serie thematisiert die Grauzonen zwischen Gut und Böse, indem sie die Komplexität von Krieg, Religion und menschlichen Motivationen beleuchtet. Marias Idealismus wird immer wieder auf die Probe gestellt, als sie erkennt, dass ihre Handlungen oft unvorhergesehene Konsequenzen haben. Die Kirche, vertreten durch Ezekiel, agiert als Antagonist, doch auch ihre Figuren werden mit Nuancen dargestellt, die ihre Handlungen nachvollziehbar machen.

Neben den Hauptcharakteren spielen weitere Figuren wie Viv, ein Engel, der Maria beaufsichtigt, und Garfa, ein Dämon, der ihre Macht testet, eine wichtige Rolle. Die Interaktionen zwischen diesen übernatürlichen Wesen und den menschlichen Charakteren tragen zur moralischen und philosophischen Tiefe der Geschichte bei. Die Serie endet mit einer Reflexion über die Natur des Krieges, die Rolle der Religion und die Grenzen individueller Macht, ohne dabei einfache Antworten zu bieten.