"Metallic Rouge" spielt in einer futuristischen Welt, in der humanoide Roboter, bekannt als Neans, Seite an Seite mit Menschen leben. Die Geschichte konzentriert sich auf Rouge, eine Nean-Agentin, die für eine geheime Organisation arbeitet, die sich der Aufrechterhaltung der Ordnung zwischen Menschen und Neans verschrieben hat. Rouge wird von ihrem menschlichen Partner Naomi begleitet, einer erfahrenen Ermittlerin, die ihre Missionen unterstützt. Zusammen reisen sie durch verschiedene Städte und Regionen, um gefährliche Neans zu jagen, die gegen die etablierten Gesetze verstoßen und die fragile Balance zwischen den beiden Spezies bedrohen.

Die Handlung entfaltet sich vor dem Hintergrund einer Gesellschaft, die von Spannungen zwischen Menschen und Neans geprägt ist. Neans werden oft als untergeordnete Wesen behandelt, was zu Konflikten und Aufständen führt. Rouge, die selbst eine Nean ist, steht im Zentrum dieser Auseinandersetzungen, da sie nicht nur ihre Pflichten als Agentin erfüllt, sondern auch mit ihrer eigenen Identität und ihrem Platz in der Welt ringt. Ihre Missionen führen sie und Naomi in gefährliche Situationen, in denen sie sowohl gegen feindliche Neans als auch gegen menschliche Gegner kämpfen müssen.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe der Organisation, für die Rouge arbeitet, sowie die wahren Absichten ihrer Auftraggeber immer undurchsichtiger. Rouge und Naomi müssen nicht nur äußere Bedrohungen bewältigen, sondern auch die moralischen und ethischen Fragen ihrer Arbeit hinterfragen. Die Beziehung zwischen Rouge und Naomi entwickelt sich im Laufe der Serie, wobei ihre unterschiedlichen Perspektiven als Nean und Mensch immer wieder zu Konflikten und gegenseitigem Verständnis führen.

"Metallic Rouge" verbindet actionreiche Szenen mit tiefgreifenden Themen wie Identität, Freiheit und das Verhältnis zwischen Schöpfer und Geschöpf. Die Serie bietet eine komplexe Erzählung, die sowohl die persönlichen Kämpfe der Charaktere als auch die größeren gesellschaftlichen Konflikte in ihrer Welt beleuchtet.