"Cowboy Bebop" spielt in einer futuristischen Welt im Jahr 2071, in der die Menschheit das Sonnensystem kolonisiert hat. Die Serie verbindet Elemente des Space Western, Noir und Jazz, um eine düstere, aber zugleich lebendige Atmosphäre zu schaffen. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Kopfgeldjägern, die auf ihrem Raumschiff, der *Bebop*, durch das All reisen, um Verbrecher zu jagen und ihren Lebensunterhalt zu verdienen.

Die Hauptfigur ist Spike Spiegel, ein ehemaliger Mitglied der kriminellen Organisation *Syndikat*, der ein ruhiges, gleichgültiges Auftreten hat, aber über beeindruckende Kampffähigkeiten verfügt. Sein Partner ist Jet Black, ein ehemaliger Polizist, der nun als Pilot und Mechaniker der *Bebop* fungiert. Jet ist pragmatisch und oft derjenige, der versucht, die Gruppe zusammenzuhalten. Im Laufe der Serie stoßen weitere Charaktere zur Crew: Faye Valentine, eine mysteriöse Frau mit einer undurchsichtigen Vergangenheit, die sich als Glücksspielerin und Betrügerin durchschlägt; Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, ein exzentrisches und hochbegabtes Hacker-Mädchen; und Ein, ein intelligenter Datenhund, der oft bei der Lösung von Fällen hilft.

Die Serie ist episodisch aufgebaut, wobei jede Folge meist eine in sich abgeschlossene Geschichte erzählt, die sich um die Jagd nach einem neuen Kopfgeld dreht. Gleichzeitig gibt es eine übergeordnete Handlung, die sich um die Vergangenheit der Charaktere und ihre persönlichen Konflikte entfaltet. Spikes Vergangenheit mit dem *Syndikat* und seine unerledigten Geschäfte mit seinem ehemaligen Freund und Rivalen Vicious spielen eine zentrale Rolle. Vicious ist ein skrupelloser Anführer des *Syndikats*, der eine ständige Bedrohung für Spike darstellt. Faye kämpft mit ihrer verlorenen Identität und den Erinnerungen an ihr früheres Leben, während Jet mit den Konsequenzen seiner Entscheidungen als Polizist zu kämpfen hat.

Die Handlung ist geprägt von Themen wie Einsamkeit, Verlust und der Suche nach Identität. Die Charaktere sind oft gezwungen, sich mit ihren Fehlern und ihrer Vergangenheit auseinanderzusetzen, während sie in einer Welt leben, die von Korruption und Gewalt geprägt ist. Die Serie endet mit einem offenen, aber dennoch abschließenden Finale, das die Schicksale der Charaktere auf eine Weise zusammenführt, die sowohl befriedigend als auch melancholisch ist.