Naruto Shippuuden ist die Fortsetzung der originalen Zeichentrickserie Naruto, in der es um einen älteren und etwas reiferen Uzumaki Naruto und seine Suche nach der Rettung seines Freundes Uchiha Sasuke aus den Griffen des schlangenartigen Shinobi, Orochimaru, geht. Nach zweieinhalb Jahren kehrt Naruto schliesslich in sein Dorf Konoha zurück und macht sich daran, seine Ambitionen in die Tat umzusetzen, obwohl es nicht einfach sein wird, da er einige (gefährlichere) Feinde wie die Shinobi-Organisation, Akatsuki, angehäuft hat.